网站物理结构指的是网站真实的目录及文件所在的位置所决定的结构。
物理结构一般分有两种:
第一种是偏平式，也就是所以网页文件都存在网站根目录下。如果有很多文件放在根目录下，制作和维护起来都比较麻烦。大中型网站把文件都放在根目录下基本就无法管理了。
扁平物理结构有一个优势，那就是很多人认为根目录下的文件比深层目录中的文件天生权重高一点。
第二种是树形结构，称为金字塔结构。根目录下以目录形式分成多个产品分类（频道、目录、类别等），然后在每一个分类下再放上属于这个分类的具体产品页面。
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